python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
1. 用SimpleITK读取dicom序列：
import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1' mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames(img_names) image = reader.Execute() image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x reader = sitk.ImageSeriesReader() mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path) reader.SetFileNames(mask_names) mask = reader.Execute() mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x
2. 用dicom读取单张dicom图像并显示：
import dicom
import pylab
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")
pixel_bytes = ds.PixelData
##CT值组成了一个矩阵
pix = ds.pixel_array
##读取显示图片
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
pylab.show()
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：
##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300
if val < 300:
ds.pixel_array.flat[n]=0
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()
ds.save_as("newfilename.dcm")
3. 此外，用pydicom也可读取dicom图像
以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持【听图阁-专注于Python设计】。